«ЭпиВакКорона» формирует три линии иммунной защиты. Первую линию защиты формируют антитела, нацеленные на пептид, входящий в состав рецептор-связывающего домена вирусного S-белка. Антитела, связавшиеся с данным районом, препятствуют взаимодействию с клеточным рецептором.

Вторую линию защиты формируют антитела, нацеленные на пептид слияния. Они связываются с белком S и препятствуют слиянию вирусной оболочки с клеточной мембраной, блокируя проникновение вируса в клетку. Если вирусу все же удалось проникнуть в клетку, срабатывает третья линия защиты.

Под влиянием антител, распознающих вирусные белки на поверхности зараженной клетки, происходит активация многих клеток иммунной системы: макрофагов, нейтрофилов, натуральных киллеров (НK-клеток), происходит и активация белков системы комплемента.

Помимо гуморального (антительного) иммунного ответа, вакцина индуцирует и Т-клеточный ответ. Гибель инфицированных клеток не дает вирусу распространяться дальше и заражать здоровые клетки.